Siswa yang sedang menuntut ilmu di SMA Muhammadiyah 1 Ponorogo tidak hanya menekuni pendidikan terus menerus, tetapi perlu mengembangkan kemampuan personal melalui kegiatan ekstra, yaitu keorganisasian. Dengan mengikuti organisasi tertentu diharapkan siswa mempunyai kemampuan leadership yang mumpuni. Untuk itu SMA Muhammadiyah 1 Ponorogo memfasilitasi siswa untuk bergabung dalam organisasi siswa intra sekolah (OSIS), Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM) dan Kepanduan Hizbul Wathon.  Untuk mewadai minat, bakat  dan pengembangan diri siswa telah diselenggaran berbagai unit kegiatan ekstrakurikuler antara lain: Basket, Bola Volly, Futsal, Tenis lapangan, Renang, Pencak Silat (Tapak Suci), Pecinta Alam (SIMPALA), Palang Merah Remaja (PMR), Kelompok Ilmiah Remaja (M-One KIR), Teather (Topeng),  Qiro’ah, Arabic Club (AC), English Conversation Club (ECC), Kepanduan HW, Marching Band (Gita Surya Nada), Musik (Platinum Studio Musik), Reyog (Taruno Suryo), Paduan suara, Buletin dan Mading (M-One Voice).